Назарбаев Интеллектуальные школы являются школами полного дня пребывания учащихся. Расписание звонков разрабатывается на основании требований школы полного дня,  СанПиНа, с учетом недельной нагрузки обучающихся, показанных в учебном плане.

В режиме школы полного дня предусмотрено проведение учебных занятий, трехразовое питание, подготовка к предметным олимпиадам, работа над проектами, консультации по подготовке домашнего задания, самоподготовка учащихся, кружковая работа и занятия по интересам. Все виды деятельности должны чередоваться с  отдыхом двигательной активности учащихся, что позволяет более эффективно использовать и поддерживать физиологические возможности ребенка. 

Проведение уроков в 7-11 классах по профильным, гуманитарным и  языковым предметам предусмотрено в расписании в виде парных уроков. Это позволяет учащимся уменьшить количество предметов при выполнении домашних заданий к  следующему учебному дню. Помимо расстановки уроков парами еще одним фактором, позволяющим максимально  сбалансировать домашнее задание учащихся, являются Дневники балансирования домашних заданий, имеющийся в каждом классе, в котором учитель в конце урока записывает количество времени, требуемое учащемуся для выполнения домашней работы. Куратор класса регулирует между учителями-предметниками рекомендованную норму общего времени для подготовки домашних заданий.

Педагогическая деятельность в Назарбаев Интеллектуальной школе г.Семей характеризуется продолжением апробации в учебном процессе экспериментальных интегрированных учебных программ по профильным и языковым предметам: физике, математике, статистике, графике и проектированию, информатике,  казахскому, русскому, английскому языкам, предусматривающих лучший отечественный опыт и инновационную международную педагогическую практику, преемственность школьных и вузовских программ. И начинается апробация нового предмета Казахстан в современном мире в 11 переходных и 11 выпускных классах.

Разработка экспериментальных интегрированных учебных программ, модели трехъязычного обучения, системы воспитательной работы предполагают интеграцию казахстанских и международных образовательных программ  (Международный Бакалавриат, Advanced Placement, IGCSE, GCEA level и AS level). В то же время интеграция должна обеспечить качество образования, подтверждаемое успешным поступлением выпускников Интеллектуальных школ в международные высшие учебные заведения. С целью обеспечения последнего, а также признания международными высшими учебными заведениями аттестата, выдаваемого Интеллектуальными школами, осуществляется привлечение Стратегических партнеров из числа передовых международных образовательных организаций и авторов международно-признаваемых образовательных программ в разработке и реализации экспериментальных интегрированных учебных программ.